Ο Παναθηναϊκός κατακτά το πρώτο Κύπελλο Πρωταθλητριών

Το 1992 το τμήμα μπάσκετ γίνεται επαγγελματικό. Υπό την προεδρία του Παύλου Γιαννακόπουλου αυτονομείται από τα υπόλοιπα τμήματα αθλητικά τμήματα και αρχίζει μια ξέφρενη πορεία. Την ίδια χρονιά αποκτά το Νίκο Γκάλη και φτάνει από την 8η θέση της προηγούμενης σεζόν να διεκδικεί το πρωτάθλημα.

Τη διετία 1994- 1995 με τον Γκάλη και το Γιαννάκη στη σύνθεση της η ομάδα παίρνει μέρος σε δύο φάιναλ-φορ και κατακτά την τρίτη θέση στην Ευρώπη. Ότι δεν κατάφερε τα δύο προηγούμενα χρόνια θα το πετύχει πανηγυρικά το 1996.

Στο φάιναλ φορ στο Παρίσι έχοντας στον πάγκο του τον Μπόζινταρ Μάλκοβιτς και στη σύνθεση του τον Ντομινίκ Γουίλκινς, το μεγαλύτερο ΝΒΑer που ήλθε ποτέ στην Ευρώπη, στέφεται Πρωταθλητής Ευρώπης, χάρις στο απίστευτο κόψιμο του Στόγιαν Βράνκοβιτς στα τελευταία δευτερόλεπτα, κατακτώντας το πρώτο ευρωπαϊκό τρόπαιο του συλλόγου και λίγους μήνες αργότερα κερδίζει και το Διηπειρωτικό Κύπελλο μπάσκετ.

Ο Ομπράντοβιτς

Το καλοκαίρι του 1999 ο Παύλος και ο Θανάσης Γιαννακόπουλος, είναι αποφασισμένοι να κάνουν τα αδύνατα δυνατά για την επανάληψη του ευρωπαϊκού θριάμβου του Παναθηναϊκού στο φάιναλ φορ που θα διοργανωθεί σε ελληνικό έδαφος, στη Θεσσαλονίκη. Έτσι, οι αδελφοί Γιαννακόπουλοι φέρνουν στον Παναθηναϊκό τον κορυφαίο προπονητή Ζέλιμιρ Ομπράντοβιτς.

Η επόμενη μεγάλη ευρωπαϊκή διάκριση κι ενώ πλέον στο εσωτερικό ο Παναθηναϊκός έχει πάρει τα σκήπτρα του ελληνικού μπάσκετ, θα έλθει το 2000, όταν η ομάδα κατακτά το Ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα στη Θεσσαλονίκη.

Το 2002 ο Παναθηναϊκός κατακτά το τρίτο ευρωπαϊκό Πρωτάθλημα μπάσκετ στην Μπολόνια, κόντρα σε όλα τα προγνωστικά.

Το 2005 η ομάδα συμμετέχει στο φάιναλ φορ της Ευρωλίγκα και αναδεικνύεται τρίτη. Το 2007 ο Παναθηναϊκός κατακτά, αυτή τη φορά στην Αθήνα, την Ευρωλίγκα για τέταρτη φορά στην ιστορία του, ενώ συνοδεύει το τρόπαιο με την κατάκτηση του ελληνικού πρωταθλήματος και του κυπέλλου κάνοντας το πρώτο του Τριπλ Κράουν.

Το 2008 ο Παναθηναϊκός συμπληρώνει και γιορτάζει τα 100 χρόνια ιστορίας του συλλόγου κάνοντας το νταμπλ στο μπάσκετ. Το 2009 η ομάδα μπάσκετ κατακτά το πέμπτο ευρωπαϊκό πρωτάθλημα και για δεύτερη φορά το Τριπλ Κράουν, αφού και στην Ελλάδα κατέκτησε ξανά το πρωτάθλημα και το κύπελλο.

Το 2011 ο Παναθηναϊκός κατακτά το έκτο ευρωπαϊκό πρωτάθλημα της ιστορίας του και παράλληλα γίνεται η δεύτερη ομάδα σε κατακτήσεις ευρωπαϊκών πρωταθλημάτων στην ιστορία του αθλήματος. Ενδεικτικό της μοναδικής ευρωπαϊκής πορείας του Τριφυλλιού όλα αυτά τα χρόνια είναι το γεγονός ότι η Ευρωλίγκα ανακήρυξε το 2011 τον Παναθηναϊκό ως την καλύτερη ευρωπαϊκή ομάδα της τελευταίας δεκαπενταετίας.