Κορονοϊός: Συνεργασία Πανεπιστημίου Οξφόρδης με Oracle για τον εντοπισμό μεταλλάξεων

Η συνεργασία θα επιτρέψει την καθολική αλληλούχηση και εξέταση του γονιδιώματος μέσω εξειδικευμένης πλατφόρμας που αναπτύσσεται στο Oracle Cloud Infrastructure, ώστε να μετριαστούν οι επιπτώσεις των δυνητικά επικίνδυνων μεταλλάξεων της COVID-19.

Η εμφάνιση πιο μολυσματικών μεταλλάξεων του ιού που προκαλεί τη νόσο COVID-19 απειλεί να επιβραδύνει την παγκόσμια ανάκαμψη και δυνητικά να εξαλείψει

την τρέχουσα ανοσία λόγω εμβολιασμού. Για να βοηθήσουν τις κυβερνήσεις και τις ιατρικές κοινότητες να εντοπίζουν αυτές τις μεταλλάξεις ταχύτερα και να δρουν ανάλογα, το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης και η Oracle δημιούργησαν ένα Παγκόσμιο σύστημα ανάλυσης παθογόνων (GPAS) που συνδυάζει την πλατφόρμα Scalable Pathogen Pipeline Platform (SP3) της Οξφόρδης με την ισχύ της λύσης Oracle Cloud Infrastructure (OCI). Αυτή η πρωτοβουλία αξιοποιεί την εργασία μιας κοινοπραξίας που χρηματοδοτείται από το Wellcome Trust και περιλαμβάνει την Εθνική υπηρεσία δημόσιας υγείας της Ουαλίας, το Πανεπιστήμιο του Cardiff και την Εθνική υπηρεσία δημόσιας υγείας της Αγγλίας.

Ο Derrick Crook, Καθηγητής Μικροβιολογίας στην Ιατρική σχολή Nuffield του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης, δήλωσε: «Αυτό το πανίσχυρο νέο εργαλείο θα επιτρέψει στους επιστήμονες της δημόσιας υγείας από ερευνητικούς οργανισμούς, φορείς δημόσιας υγείας, υπηρεσίες υγειονομικής περίθαλψης και διαγνωστικές εταιρείες ανά τον κόσμο να βοηθήσουν στην περαιτέρω κατανόηση των λοιμωδών νόσων, ξεκινώντας με τον κορωνοϊό.

Το Παγκόσμιο σύστημα ανάλυσης παθογόνων θα βοηθήσει να καθιερωθεί ένα παγκόσμια κοινό πρότυπο για την συγκέντρωση δεδομένων και την ανάλυση αυτού του νέου ιού, καθώς και άλλων μικροβιολογικών απειλών για τη δημόσια υγεία. Αυτό προσθέτει μια νέα διάσταση στην ικανότητά μας να επεξεργαζόμαστε τα δεδομένα των παθογόνων. Είμαστε ενθουσιασμένοι για τη συνεργασία με την Oracle με σκοπό την προώθηση της έρευνάς μας χρησιμοποιώντας αυτήν την υπερσύγχρονη πλατφόρμα τεχνολογίας.»

Η πλατφόρμα SP3 χρησιμοποιήθηκε αρχικά για τη φυματίωση και τώρα έχει μετατραπεί με σκοπό την ενοποίηση, προτυποποίηση, ανάλυση και σύγκριση δεδομένων αλληλουχιών του SARS-CoV-2, αποκαλύπτοντας αλληλουχίες γονιδιωμάτων και εντοπίζοντας νέες μεταλλάξεις και ανησυχητικές μεταλλάξεις. Η επεξεργαστική ικανότητα της πλατφόρμας SP3 έχει βελτιωθεί με εκτενείς νέες εργασίες ανάπτυξης από την Oracle, επιτρέποντας υψηλή απόδοση και ασφάλεια, καθώς και διαρκή παγκόσμια διαθεσιμότητα του συστήματος SP3 στο Oracle Cloud. Το σύστημα SP3 θα παρέχει τώρα ολοκληρωμένα και προτυποποιημένα αποτελέσματα των αναλύσεων COVID-19 μέσα σε μερικά λεπτά, σε διεθνή κλίμακα. Στα αποτελέσματα θα έχουν από κοινού πρόσβαση χώρες από όλο τον κόσμο, μέσα από ένα ασφαλές περιβάλλον.

Ο Sir John Bell, Καθηγητής Βασιλικής Έδρας της Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Οξφόρδης, δήλωσε: «Η δυνατότητα εφαρμογής της συστηματικής εξέτασης γενετικών μεταλλάξεων σε μια σειρά παθογόνων θα έχει τεράστια οφέλη για τη δημόσια υγεία διεθνώς. Αυτό το πρόγραμμα, με την Oracle ως συνεργάτη, μας πηγαίνει ένα βήμα πιο κοντά σε αυτόν τον στόχο.

Σε συνδυασμό με τις εκτενείς δυνατότητες μηχανικής εκμάθησης του Oracle Cloud, οι συνεργαζόμενοι επιστήμονες, ερευνητές και κυβερνήσεις ανά τον κόσμο μπορούν να επεξεργάζονται, να αναλύουν, να οπτικοποιούν και να αναλαμβάνουν δράση πάνω σε μια μεγάλη συλλογή δεδομένων για τα παθογόνα της COVID-19 για πρώτη φορά. Αυτό περιλαμβάνει τον εντοπισμό μεταλλάξεων ιδιαίτερου ενδιαφέροντος και της δυνητικής επίπτωσής τους στην αποτελεσματικότητα εμβολίων και θεραπειών. Για παράδειγμα, οι πίνακες χειρισμού (dashboards) εργαλείων ανάλυσης στο σύστημα θα δείξουν ποια συγκεκριμένα στελέχη εξαπλώνονται πιο γρήγορα από άλλα και το εάν κάποια γενετικά χαρακτηριστικά συνεισφέρουν σε αυξημένη μεταδοτικότητα και διαφυγή από την αποτελεσματικότητα των εμβολίων. Ήδη, το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης έχει επεξεργαστεί τις μισές από τις αλληλουχίες SARS-CoV-2 ανά τον κόσμο, ο συνολικός αριθμός των οποίων ξεπερνάει τις 500.000.

Ο Larry Ellison, Chairman και CTO της Oracle, δήλωσε: «Υπάρχει μια κρίσιμη ανάγκη για παγκόσμια συνεργασία επί της αλληλούχησης και εξέτασης του γονιδιώματος της COVID-19 και άλλων παθογόνων. Το βελτιωμένο σύστημα SP3 θα εδραιώσει ένα παγκόσμιο πρότυπο για τη συλλογή και ανάλυση δεδομένων για τα παθογόνα, επιτρέποντας έτσι στους ιατρικούς ερευνητές να κατανοήσουν καλύτερα τον ιό που προκαλεί τη νόσο COVID-19 και άλλες μικροβιακές απειλές για τη δημόσια υγεία.»

Το επόμενο βήμα θα είναι να επεκταθεί αυτή η υπηρεσία σε όλα τα παθογόνα με ταυτόχρονη συνεργασία με επιστήμονες από ερευνητικούς οργανισμούς, υπηρεσίες δημόσιας υγείας και ιδιωτικές εταιρείες, ώστε να διασφαλιστεί ότι αυτή η εργασία είναι σε θέση να παράσχει πληροφόρηση για τη λήψη αποφάσεων επί των στρατηγικών αντιμετώπισης της πανδημίας παγκοσμίως.

Η πλατφόρμα θα είναι δωρεάν για χρήση από ερευνητές και μη κερδοσκοπικούς φορείς σε παγκόσμιο επίπεδο.

Τι λέει η κοινότητα της υγειονομικής περίθαλψης:

Ο Καθηγητής Thomas R Connor, Σχολή Βιοεπιστημών, Πανεπιστήμιο Cardiff, δήλωσε: «Η πλατφόρμα SP3 έχει προκύψει από δραστηριότητες συμμετοχής, σχεδίασης και δοκιμών που λειτουργούσαν κατά τα τελευταία αρκετά χρόνια, από τη στενή συνεργασία ανάμεσα σε ερευνητές στο Πανεπιστήμιο του Cardiff και το Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, την Εθνική υπηρεσία δημόσιας υγείας της Αγγλίας και το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής, καθώς και εμπλεκόμενους φορείς δημόσιας υγείας στο Ηνωμένο Βασίλειο. Αυτό το νέο Παγκόσμιο σύστημα ανάλυσης παθογόνων θα επιτρέψει στους συνεργαζόμενους επιστήμονες να αναλύουν μια δεξαμενή παγκόσμιων δεδομένων με νέους τρόπους, παρέχοντας καλύτερη αξιοποιήσιμη πληροφόρηση για ανησυχητικές μεταλλάξεις ιών και για τη δυνητική διασπορά τους.»

Η Δρ Isabel Oliver, Διευθύντρια της Εθνικής Υπηρεσίας Λοιμώξεων στην Εθνική υπηρεσία δημόσιας υγείας της Αγγλίας, σημείωσε: «Αυτή η δωρεά είναι μια ευπρόσδεκτη ενίσχυση της ικανότητας από κοινού χρήσης δεδομένων για αλληλουχίες γονιδιωμάτων με συναδέλφους από όλο τον κόσμο. Η αξιόπιστη εξέταση του γονιδιώματος και τα ευρέως διαθέσιμα δεδομένα έχουν ζωτικό ρόλο για τις συλλογικές μας προσπάθειες καταπολέμησης της υφιστάμενης πανδημίας, αλλά επιπλέον θα έχουν πλεονεκτήματα στο διηνεκές όσον αφορά την ανταπόκριση σε άλλα παθογόνα στο μέλλον. Αυτό θα μπορούσε δυνητικά να έχει μια εκτεταμένη θετική επίπτωση για τη διεθνή δημόσια υγεία και την παγκόσμια υγειονομική ασφάλεια. Καθώς προκύπτουν νέες μεταλλάξεις του SARS-CoV-2 ανά τον κόσμο, απαιτείται μια συνεργατική παγκόσμια προσπάθεια για να επιτευχθεί αποτελεσματική ανταπόκριση. Συνεργασίες όπως αυτή είναι απολύτως ζωτικής σημασίας για να διασφαλιστεί ότι είμαστε σε θέση να μετριάσουμε την επίπτωση της COVID-19 στον παγκόσμιο πληθυσμό, και ότι μπορούμε να συνεχίσουμε να ενισχύουμε την ικανότητά μας να αντιμετωπίζουμε αποτελεσματικά τις αναδυόμενες απειλές κατά τα επόμενα χρόνια.»

ΚΟΡΟΝΟΪΟΣ