Κωνσταντίνος Θεοφιλάτος (InSyBio): Στον κόσμο της ευφυούς συστεμικής βιολογίας

Του Κώστα Τσαούση

Τους ανθρώπους της εταιρείας InSyBio (Intelligent Systems Biology), που η φήμη τους επεκτάθηκε από την αρχική βάση τους, το Επιστημονικό Πάρκο Πάτρας, χιλιόμετρα μακριά, στα βρετανικά νησιά, τους γνώρισα από κοντά σε μια εκδήλωση του προγράμματος NBG Business Seeds της Εθνικής Τράπεζας.

Η εταιρεία

InSyBio είναι μία από τις συμμετέχουσες του προγράμματος και μάλιστα από εκείνες τις νεότευκτες εταιρείες στις οποίες η τράπεζα έχει επιλέξει να επενδύσει από τα πρώτα τους βήματα, εμπιστευόμενη την ιδέα / επιχειρηματική πρόταση / λύση της πολυμελούς ιδρυτικής ομάδας.

Συγκεκριμένα, η Εθνική συμμετέχει στο μετοχικό κεφάλαιο της InSyBio. Μέχρι εδώ τα πράγματα πάνε καλά - οι δυσκολίες για έναν δημοσιογράφο ξεκινούν όταν πρέπει να βουτήξει στα βαθιά και να γράψει σχετικά με το εξειδικευμένο αντικείμενο της δραστηριότητας της εταιρείας. Οι δυσκολίες όμως ξεπερνιούνται όταν υπάρχει θέληση και διάθεση για εντατικό φροντιστήριο.

Κράτησα για την αρχή τα τυπικά. Από το site του προγράμματος της Εθνικής Τράπεζας NBG Business Seeds συγκέντρωσα τις εξής πληροφορίες: «Η InSyBio δραστηριοποιείται στον κλάδο της βιοπληροφορικής, και συγκεκριμένα στον τομέα της προσωποιημένης Ιατρικής. Επικεντρώνεται στον εντοπισμό κομβικών και προγνωστικών βιοδεικτών σε πρώιμο στάδιο εξέλιξης ασθενειών με τη χρήση προχωρημένων εργαλείων μετα-ανάλυσης βιολογικών και ιατρικών δεδομένων μεγάλης κλίμακας. Κάθε εντοπισμός τέτοιων βιοδεικτών επιταχύνει τόσο την πρόγνωση όσο και την έρευνα για ανακάλυψη νέων φαρμάκων στην Ιατρική. Σήμερα η αγορά των εργαλείων και των υπηρεσιών δεδομένων βιοπληροφορικής μεγάλου όγκου είναι μία από τις πιο ταχύτατα αναπτυσσόμενες παγκοσμίως, με μέσο ετήσιο ρυθμό αύξησης άνω του 15%.

Το βασικό προϊόν της InSyBio είναι το InSyBio Suite, το οποίο είναι μια ολοκληρωμένη πλατφόρμα με εργαλεία για τη διαχείριση, την ασφαλή αποθήκευση και την ανάλυση βιολογικών δεδομένων (-omics data) με σκοπό τη διευκόλυνση των ερευνητών στον εντοπισμό και την ερμηνεία βιοδεικτών. Τα προϊόντα της InSyBio είναι χρήσιμα σε εταιρείες που δραστηριοποιούνται στον χώρο της εξατομικευμένης πρόγνωσης και διάγνωσης, σε φαρμακευτικές εταιρείες, σε ερευνητικά εργαστήρια πανεπιστημίων και ερευνητικών ινστιτούτων, αλλά και σε εταιρείες από τον χώρο της αγροβιοτεχνολογίας». Η ομάδα της InSyBio αποτελείται από πέντε επιστήμονες με ισχυρό υπόβαθρο στη βιοπληροφορική, στις τεχνολογίες πληροφορικής και τη διοίκηση επιχειρήσεων, καθώς και μια επιστημονική επιτροπή που απαρτίζεται από δύο μέλη της ακαδημαϊκής κοινότητας του Πανεπιστημίου Πατρών. Παραθέτω τα ονόματα της ιδρυτικής ομάδας αλλά και των συνεργατών της εταιρείας: Λάμπρος Διγώνης (CEO), Κωνσταντίνος Θεοφιλάτος (Technical Sales Mgr.), Xρήστος Αλεξάκος (COO), Xρήστος Δημητρακόπουλος (R&D Mgr.), Αίγλη Κορφιάτη (Product Development Mgr.), καθώς και οι Σπύρος Λυκοθανάσης και Σεφερίνα Μαυρουδή (μέλη της Scientific Commitee).

Με τη βοήθεια του Κωνσταντίνου Θεοφιλάτου πάμε λίγο παρακάτω: α) Το βασικό προϊόν της InSyBio είναι το InSyBio Suite, μια ολοκληρωμένη πλατφόρμα για τη διαχείριση, την ασφαλή αποθήκευση και την ανάλυση βιολογικών δεδομένων με σκοπό τη διευκόλυνση των ερευνητών στον εντοπισμό και στην ερμηνεία βιοδεικτών και τη σημαντική επιτάχυνση της έρευνας για την εύρεση νέων θεραπειών, φαρμάκων ή ακόμα και την υπόδειξη του πώς θα βελτιωθεί η καταλληλότητα των τροφίμων που θα έρθουν στο πιάτο μας. Βιοδείκτης είναι ένας μετρήσιμος δείκτης μιας βιολογικής κατάστασης με βάση την τιμή του οποίου ανιχνεύεται μια κανονική βιολογική διεργασία, μια παθογενής διαδικασία ή η απόκριση σε ένα φάρμακο. β) Η πλατφόρμα ακολουθεί το μοντέλο Software as a Service (SaaS) της τεχνολογίας Cloud Computing και οι υπηρεσίες της παρέχονται με ασφάλεια μέσω Διαδικτύου χωρίς την απαίτηση ο πελάτης-χρήστης να διαθέτει επιπρόσθετο εξοπλισμό ηλεκτρονικών υπολογιστών ή να εκχωρήσει τον έλεγχο των δεδομένων του. γ) Επιπροσθέτως, η εταιρεία προσφέρει τις υπηρεσίες της μέσω της ανάληψης ερευνητικών έργων για ανάλυση βιολογικών δεδομένων σε διάφορα είδη (δεδομένα πρωτεωμικής, δεδομένα γονιδιακής έκφρασης, δεδομένα αλληλουχιών DNA κ.λπ.), έχοντας συνεργασίες με πληθώρα ινστιτούτων και ερευνητικών εργαστηρίων στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Η InSyBio προσφέρει τις υπηρεσίες της μέσω:

- Πώλησης αδειών για χρήση των εργαλείων της InSyBio Suite (για 3, 6 ή 12 μήνες)
- Ανάληψης ερευνητικών έργων στους τομείς του ενδιαφέροντός της
- Συμμετοχής σε ερευνητικά προγράμματα στους ίδιους τομείς.

Δύο χρήσιμα παραδείγματα

Η ΧΡΗΣΗ

Ο εκ των ιδρυτικών μελών της εταιρείας Κωνσταντίνος Θεοφιλάτος μάς δίνει δύο πολύ χρήσιμα παραδείγματα για το πώς χρησιμοποιούνται τα εργαλεία της πλατφόρμας:

«α) Τα ερευνητικά εργαστήρια μπορούν χρησιμοποιώντας τα εργαλεία της πλατφόρμας μας να εκμεταλλευτούν στο μέγιστο τα πειραματικά τους δεδομένα εξάγοντας όσο περισσότερο αξιόπιστη και ποιοτική πληροφορία. Η πληροφορία αυτή εξάγεται με τη μορφή βιοδεικτών, δηλαδή βιολογικών δεικτών που μπορούν να χαρακτηρίσουν μια βιολογική κατάσταση ή μια ασθένεια.

Για παράδειγμα, με χρήση των εργαλείων μας για εξαγωγή βιοδεικτών από δεδομένα γονιδιακής έκφρασης μπορούν να εντοπιστούν βιοδείκτες μιας κλινικής κατάστασης. Αυτοί οι βιοδείκτες, σε αντίθεση με τις υπάρχουσες μεθοδολογίες, είναι πιο πιθανό να σχετίζονται με την αιτία παρά με το αποτέλεσμα της συγκεκριμένης κατάστασης. Αυτό επιτυγχάνεται μέσω της ανάλυσης με ευφυείς αλγόριθμους βιοπληροφορικής σε επίπεδο βιολογικών δικτύων. Επιπροσθέτως, τα εργαλεία μας παρέχουν μηχανισμούς ερμηνείας της βιολογικής γνώσης που εξάγεται μέσα από την ανάλυση βιολογικών πειραμάτων με ολοκλήρωση πληροφορίας από διαθέσιμες βάσεις δεδομένων.

β) Οι φαρμακευτικές εταιρείες, αντίστοιχα, μπορούν χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα μας, εκτός από την αποδοτική ανάλυση των βιολογικών πειραμάτων τους -για όσες έχουν αντίστοιχο ερευνητικό τμήμα-, να επωφεληθούν και στη διαδικασία ανάπτυξης φαρμάκων.

Για παράδειγμα, ένα από τα ανοιχτά προβλήματα στον τομέα της φαρμακευτικής έρευνας είναι να βρεθούν οι κατάλληλες πρωτεΐνες για να αποτελέσουν στόχο για ένα καινούριο φάρμακο. Οι πρωτεΐνες-στόχοι ιδανικά πρέπει να είναι κοντά στο κομμάτι του δικτύου που εμπλέκεται με τη διαταραχή-ασθένεια, αλλά θα πρέπει να μη συμμετέχουν σε βιολογικά μονοπάτια που εμπλέκονται με άλλες ασθένειες και σημαντικές κυτταρικές λειτουργίες έτσι ώστε να περιοριστούν οι παρενέργειες. Μέσα από τα εργαλεία μας και την ανάλυση των πρωτεϊνών, των αλληλεπιδράσεών τους και των δικτύων που προκύπτουν, οι φαρμακευτικές εταιρείες μπορούν να εντοπίσουν κατάλληλες πρωτεΐνες-στόχους γρηγορότερα επιταχύνοντας τη δημιουργία καινούριων φαρμάκων».

Στη φωτογραφία, από αριστερά προς τα δεξιά, εικονίζονται οι: Χρήστος Αλεξάκος, γενικός διευθυντής, Αίγλη Κορφιάτη, υπεύθυνη Ανάπτυξης Προϊόντος, Κωνσταντίνος Θεοφιλάτος, διαχειριστής